Sejak tahun 2003 Direktorat Akademik, Ditjen Dikti, Depdiknas, telah meluncurkan Kegiatan Penjaminan Mutu (Quality Assurance) untuk pembinaan Perguruan Tinggi. Pada tahun 2006, pola dan pedoman penilaian kegiatan tersebut telah tersusun dengan nama Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI). Dengan pedoman SPMI pada tahun 2008 terjaring 68 Perguruan Tinggi yang dikatagorikan sebagai Perguruan Tinggi yang memiliki praktek baik dalam SPMI yang dilanjutkan dengan penjaringan kedua pada tahun 2009.
Karena kualifikasi dalam SPMI mempunyai nilai tinggi dalam penilaian Ditjen Pendidikan Tinggi dan dalam mendapatkan bantuan Pemerintah, maka UAI pada tgl 10 Juli 2009 mendaftar untuk mendapatkan penilaian dari Dikti. Pada tgl. 9 Desember 2009, Dikti melakukan penilaian terhadap UAI dalam kegiatan yang berkaitan dengan pelaksanakan SPMI. Hasil penilaian ini diterima pada 19 Januari 2011 dan UAI dinyatakan sebagai salah satu universitas yang dinilai telah mengimplementasikan SPMI dengan baik dan memiliki praktek baik (good practices) dalam SPMI.
Universitas Al Azhar Indonesia mendirikan lembaga penjaminan mutu dengan nama: Badan Penjaminan Mutu Universitas (BPMU), yang ditetapkan dengan surat keputusan Rektor: No.063/SK/R/UAI/IV/2011.
Badan Penjaminan Mutu Universitas (BPMU) yang didirikan adalah suatu lembaga dalam organisasi Universitas Al Azhar Indonesia (UAI), yang dibentuk dalam usaha memenuhi peraturan dan perundang-undangan yang berlaku khususnya peraturan Kementerian Pendidikan Nasional seperti yang tercantum dalam PP No.19 Pasal 91 Tahun 2005 Tentang Standar Nasional Pendidikan, yang mewajibkan setiap Perguruan Tinggi memiliki unit Penjaminan Mutu.
Lebih lanjut dalam pedoman pembentukan pemjaminan mutu dihimbau agar unit penjaminan mutu merupakan unit yang independen. Berdasarkan peraturan tersebut maka BPMU-UAI adalah suatu badan yang mandiri dalam kelembagaan rektorat UAI, yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor